ところが、その惑星コーラルにおいて局地戦争が勃発、その拡大・長期化に伴い環境が加速度的に悪化。居住環境は既に取り返しのつかないところまでおよび、人類がもはや住めない状態に近づいていた。そこで、コーラル国家群での最大勢力"10カ国連盟"はコーラルを捨て他の惑星へ移住する大規模移民計画を提唱することとなった。

人類が移住可能な惑星の探査に入ってからしばらくして、それに適合した環境の惑星を無人探査機の1つが"偶然"発見したと報告があり、10カ国連盟はこの惑星を「ラグオル」と命名。計画開始当初から建造を行っていた超長距離惑星間航行用宇宙船「パイオニア1」が先発隊として発進し、1年間の航行を経て無事、惑星「ラグオル」に到着した。移民団はラグオルの生態を始めとした周辺調査を行い、安全を確認後、本格的な居住のための開発を開始。周辺地域の環境を整備し、生活の拠点となる「セントラルドーム」の建設に乗り出した。

……そして7年後。

居住可能との判断がなされた「パイオニア1」からの招聘を受け、移民を目的とした「パイオニア2」がコーラルを発進、一路ラグオルへと向かうことになる。いよいよ「パイオニア2」が衛星軌道上に到着し、セントラルドームとの交信を開こうとするまさにその瞬間、惑星表面上に大爆発が発生！！

セントラルドームとの通信は途絶え、「パイオニア2」内で不安・危機感・焦燥が入り混じる中、総督府からラグオル地表の調査指令がハンターズ（プレイヤー）に下された。

解明されていない未知のエネルギー"フォトン"、凶暴化したラグオルの原生生物、そして、総督府とは別に慌しく動くラボや軍部の各機関……。それらを取り巻く背景が交錯する中、ハンターズ（プレイヤー）はラグオルという未知の大地へ踏み込んでいくこととなる……。