ミッション （1〜2人用）
アーケード版と同じく、
全3ステージをストーリーに沿ってプレイするモードです。
任務中には様々なイベントが発生し、
イベントのクリア結果によってその後のルートが分岐します。
エージェントアカデミー （１人用）
任務遂行に必要なテクニックを磨く
訓練施設（ミニゲーム集）です。
各トレーニング終了後には、獲得したポイント数によって、
成功／失敗の結果と
CMF局長からの評価コメントなどが表示されます。
"TRAINING" レベル2をクリアすると、
より実戦的訓練となる
"SIMULATION" がプレイできるようになります。
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Justice Shot
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Combo Shot
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Reflexes
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Judgment
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Who's The Enemy
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Timing 目的：移動する障害物の隙間を狙ってタイミングよく射撃する能力を鍛えます。 内容：障害物の隙間から標的を撃て！ |
パートナー （２人用）
パートナーへの信頼度を試すモードです。
ゲーム開始前にライフの数量や装弾できる弾数を
２人で分け合うことができます。
また、このモードでは2人の協力度合いを測る
ルールが設定されており、
「敵からどれだけ相手を守ったか」
などのパラメータを解析します。
ゲームの結果に応じて、２人の信頼度を算出します。
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「コンフィデンシャル ミッション」では
このほかにも様々なオリジナルモードを盛り込んでいます。
それらのモードは、
ユーザーの習熟度やプレイ頻度などにより、
徐々に開かれて行きます。