南極に誕生した世界初のロボット大統領「ラグ」。その就任式に出席するためアトムはヒゲオヤジと共に南極へ向かう。しかし、ウワサでは反ロボット組織「ブラック・ルックス」がラグをねらっているという。果たして…。
アトラスとの戦いのあと、アトムは悩みつづけていた。天馬博士とは？ なぜお茶の水博士は真実を教えてくれないのか…？ 心に苦しみを感じるアトム。 南極に到着するとラグ大統領、世界議長のレッド公とその娘のロボットのニョーカが出迎えてくれた。 ロボット大統領のラグ。アトムと同じく、人間とロボットの協調を強く訴える、立派な大統領だ。しかし、そのとき…。
反ロボット組織、ブラック・ルックス団が現れて、就任式の会場をメチャクチャに!! このままだとニョーカまで破壊されてしまう！ アトムの活躍により、ニョーカは救い出された。ってアトム！ ニョーカに一目ぼれしてる場合じゃないぞ！ 敵を追わなきゃ！ ボスだと思われる人物を追いつつ、空中線を繰り広げるアトム。
しかし、ボスだと思われる人物はオトリだった。ハッ、大統領が危ない。急いで戻らなきゃ！ 巨大秘密兵器カラブス。こいつを倒さないと大統領どころか、南極までが爆破されてしまう。 無事、カラブスを倒して一件落着。と思われたそのとき、ラグ大統領の身に異変が!! そしてブラック・ルックスの首領であるデッドクロスが姿をあらわす。
※ゲーム画面は開発中のものです。　（C）Hitmaker/SEGA, 2003 （C）Tezuka Productions （C）Tezuka Productions・SPEJ