建設中の月面プラントが何者かによって占拠され、徳川財閥「徳川社長」の息子「ダイチ」が人質に捕らわれた。しかも犯人の要求は「アトムを連れてくること」。なぜ犯人はアトムに会いたがっているのか？ そして、犯人の正体は…!?
犯人の要求で月に行くことになったアトム。月ではどんなことがまっているのだろうか？ 月面は地球と重力がことなるため、ジャンプやジェットのタイミングが難しい。 ステージ3になると通常の敵も手ごわくなってくるぞ。気をつけろ！
プラント内に入ると、いきなり巨大な敵ロボットが登場。こいつは強敵だ！ 床や壁のレーザーに触れるとダメージを受ける。慎重に進もう。 さらに奥へ進んでいく。この先にはいったいなにが…。
無事、捕らわれていたダイチを発見!!　ん？ なにやら様子がおかしいぞ。 なんとダイチの正体はアトラスだった。アトムが天馬博士に作られただって!? 空中を自由自在に飛び回り、強力なビーム攻撃を仕掛けてくるアトラス。アトム、勝てるか!?
※ゲーム画面は開発中のものです。　（C）Hitmaker/SEGA, 2003 （C）Tezuka Productions （C）Tezuka Productions・SPEJ