国家警察の田鷲警部より太平洋上の飛行機事故の調査を頼まれたアトム。飛行機はどうやら高熱によって溶かされて事故にあってしまっているらしい。誰が何の目的でそんなことをしているのか？どうやらこれも裏には悪いヤツがいるのは間違いない。アトム、事故の原因の調査と悪だくみをしているヤツをやっつけろ！
「田鷲警部」から依頼はスーパーロボットであるアトムにしか受けられないようだ。 「お茶ノ水博士」によりジェット機能のリミッターが外され、空が飛べるように。 突如アトムの目の前にあらわれた謎のライオン。このライオンの正体は！？
巨大な敵が登場。回転する触手をよけながら、「フィンガービーム」を当てろ！ 暗闇のなか手探りでゴールまでたどり着くのは難しい。「ハイパーセンサー」をパワーアップさせるとどうなる!? わわ！ 突然「ビッグX」から戦いを挑まれてしまった!! 「金三角」の手下じゃないのに〜。どうなるアトム!?
強敵ロボット「V3号」に「アームキャノン」が炸裂。 さらに地下深くへと進んでいくアトム。その先にはいったいなにが…!? 大悪人「金三角」と「スカンク」がなにやら悪だくみをしているぞ。どうするアトム!?
※ゲーム画面は開発中のものです。　（C）Hitmaker/SEGA, 2003 （C）Tezuka Productions （C）Tezuka Productions・SPEJ