最初のステージはおなじみメトロシティ。和登千代子さんが何者かの手によりさらわれてしまった。アトム、急いで千代子さん救出に向かうのだ！そして敵の真の目的を探り出せ！
ゲームをスタートするとストーリーシーンから始まる。このシルエットはひょっとして…！？
舞台となるメトロシティをバックに、いざ冒険スタート。
「お茶ノ水博士」の助手である「和登さん」がロボットにさらわれた！ 急いで救出に向かわなきゃ！
ステージにはいろいろな敵キャラが登場。恐れずにどんどん攻撃しよう！
必殺技「EXダッシュ」が炸裂！ 前方の敵を一網打尽だ！
巣を使って移動する巨大クモ。「ジャンプ」や「ジェット」を駆使してやっつけよう！
さらわれた「和登さん」を救出成功。！ ん！？ この先には強敵「ジオワーム」がいるだって！？
ステージ１のボス、巨大な「ジオワーム」との戦い。ビームや触手の攻撃をかわしながら、必殺技でトドメだ！
アニメでもおなじみのライバルロボット「アトラス」が登場。ゲームではどのようにストーリーと絡んでくるのか！？
※ゲーム画面は開発中のものです。 （C）Hitmaker/SEGA, 2003 （C）Tezuka Productions （C）Tezuka Productions・SPEJ
